Nació el 2 de febrero de 1856 en nuestro pueblo de Chila, hijo legítimo del matrimonio de la señora Felipa Hernández y del señor Luis Amador.

Los primeros años de su infancia se le deslizaron dulcemente en el regazo materno entre caricias y besos, entre consejos y direcciones cristianas que formaron así un corazón tierno, delicado, cariñoso y caritativo, bien arsenado para producir después óptimos frutos.

En la antigua escuela católica, recibió la instrucción primaria y comenzó a aprender la música, figurando desde la edad de diez años entre los miembros de la antigua Banda. Poco después se le consagró al comercio a cargo y dirección del señor Carlos Ruiz, quien, en el transcurso de los años, notó en Amador, y así lo dijo, vocación sacerdotal.

A la edad de 17 años, en 1874, comenzó su carrera literaria, y la Providencia Divina escogió como instrumento para llevar adelante esta obra el apoyo y protección directa y cabal del señor cura, don Mariano Bazán, tío del agraciado, y quien lo sostuvo durante los años que estuvo en el seminario de Puebla de los Ángeles.

En latinidad fue su maestro, el señor Prebendado don Carlos Maria Rodriguez Acevedo. En filosofía, los señores Pbros. Antonio P. Tagle y Simeón Ortega. En teología, el señor Cango. D. Prisciliano Córdova; y de Instituciones de derecho canónico, el señor Lic. Y prebendado don Juan N. Guarneros.

La carrera la hizo completa, obteniendo en todos los exámenes la suprema calificación y habiendo sustentado varias conferencias de honor y exámenes públicos. Concluida esta, en el año de 1883, fue agraciado con los honrosos cargos de prefecto de disciplina y profesor de tercer año de latinidad en el mismo colegio.

En febrero de 1884, habiendo llegado a Puebla el señor Dr. Ibarra, procedente de Roma, y prendado de los magníficos estudios que se hacen en aquella ciudad eterna, se propuso mandar a varios jóvenes de carrera concluida a perfeccionarla en aquel punto, y consultando el caso con el expresado señor canónigo Córdova, este señor y el señor Ibarra resolvieron mandar en seguida al señor Amador y se fue, ingresando a su llegada a Roma en el colegio Pío Latino Americano, donde continuó sus estudios bajo la habilísima dirección de los RR. PP. Jesuitas.

En abril de 1885 fue la llegada del biógrafo a Roma; pero, habiendo encontrado muy adelantados los cursos, para no perder tiempo, se dedicó a estudiar moral y fue ordenado presbítero el 19 de septiembre de ese mismo año en la gran Basílica de San Juan de Letrán, por manos del Eminentísimo Vicario de su Santidad, Cardenal Parrochi.

En su permanencia en el colegio, mereció tal confianza de sus superiores que todo el tiempo que estuvo fue Prefecto de filósofos. En los años de 1886 y 1887, perfeccionó sus estudios de Teología Dogmática en la celebérrima Universidad Gregoriana, en la que se graduó de Doctor en esa facultad y universidad. En el siguiente año escolar, comenzó a estudiar derecho canónico; pero, habiendo llegado a Roma la peregrinación en marzo de ese año, concibió deseos de regresar a su patria con sus paisanos, y lo efectuó, llegando a Puebla el 16 de julio de 1888.

Al año siguiente, comenzó el joven sacerdote a prestar sus servicios en ese ilustre plantel del seminario Palafoxiano en los cargos siguientes:

Profesor de Teología dogmática y moral, secretario del Colegio y de la Academia; vicerrector, tesorero.

Por estos cargos que, con tanta eficacia y competencia presto, y por varios beneficios que prodigio a ese plantel, entre otros crearle varios recursos y medios educativos a jóvenes pobres, pudiera muy bien llamársele benemérito del seminario.

A fines del año 1892, fue nombrado cura y vicario foráneo de Huajuapan y el 6 de diciembre de ese año, llegó a la parroquia de Huajuapan en medio de demostraciones mil de afecto y amor filial.

En agosto de 1900 fue llamado a Puebla por el Ilmo. Señor Amézquita, y ya no regresó, pues se le colocó en el Obispado al frente de la Prosecretaría, que desempeñó con acierto y eficacia por algunos meses, en que, nombrado representante por la Diócesis de Puebla para la peregrinación a Roma, marchó a aquella ciudad Santa, en donde, a su llegada y arreglada una peregrinación a Tierra Santa, el Ilmo. Señor Ibarra le confió la presidencia y dirección de la misma.

A su regreso a Puebla se le ofrecieron varios honoríficos empleos y curatos, que no aceptó; y al estar en una tanda de ejercicios, se le volvió a nombrar foráneo de Huajuapan, que con gusto aceptó; y desde su regreso hasta la fecha ha continuado una marcha más ascendiente, de mejoras espirituales y materiales, que desearse pudiera por cualquiera persona exigente.

El 12 de mayo de 1903 nace la Diócesis de las Mixtecas eligiendo al Pbro. Rafael Amador como su primer obispo.

El día 16 de junio de 1903, el Pbro. José Guadalupe González, vicario general de la diócesis, participó al clero diocesano que Monseñor Rafael Amador viajó a la ciudad de Oaxaca con el fin de recibir la consagración episcopal.

En los tres días precedentes a la consagración (26, 27 y 28), el vicario general ordenó que, después de la eucaristía, se canten las “Letanías de todos los santos”, y el 29, a las 12 del día, en acción de gracias, se entone con toda solemnidad el Te Deum.

En el presbiterio arzobispal de la catedral de Antequera fue consagrado el primer obispo de “Las Mixtecas”, Monseñor Rafael Amador y Hernandez. El Dr. Eulogio Clemente Gregorio Gillow y Zabalza, “arzobispo de Oaxaca”, fue el presidente consagrante. Le asistieron en la consagración los señores obispos Francisco Plancarte y Navarrete y Jose Mora y del Rio; el primero, obispo de Cuernavaca, Morelos y Tulancingo, Hidalgo; el segundo.

La consagración episcopal fue solemne, devota y sencilla. Monseñor Amador se ofreció totalmente a Jesucristo tomando como mediadora a Santa María de Guadalupe. Prometió vaciar hasta la última gota de su vida por todos y cada uno de los habitantes de las mixtecas.

Murió en Huajuapan el 3 de junio de 1923; sus restos descansan en la Iglesia Catedral.